소통·알림
“R&D 조세지출, 수행단계에 93% 집중... 전주기 지원 체계 시급”
작성일2025.09.30 조회수6,180
첨부파일
“R&D 조세지출, 수행단계에 93% 집중... 전주기 지원 체계 시급”
- 수행단계 편중 완화... 기획·기술이전·투자회수까지 전주기 지원 강화 -
- 김학효 부연구위원, “세액공제 확대와 준비금 손금산입 재도입 등으로 민간 R&D 촉진해야” -
- STEPI, 「과학기술정책 Brief」 Vol.53 발간 -
□ 과학기술정책연구원(이하 STEPI, 원장 윤지웅)은 현행 R&D 조세지출 제도의 수행단계 편중 현황 분석을 기반으로, 기획·기술이전·투자회수 등 전주기 지원 강화를 위해 제도 개선 방향을 제시한 「과학기술정책 Brief」 Vol.53을 발간함
□ 2025년 ｢조세지출예산서｣를 기준으로 총 280개 조세지출 제도를 분석한 결과, R&D와 직·간접적으로 관련된 제도가 28개로 선별됨
□ 28개 R&D 관련 조세지출 규모는 2023년 기준 약 5.8조 원으로, 정부 R&D 예산(31.1조 원)의 약 18.6% 수준임
○ 이 중 연구·인력개발비 세액공제가 약 4.6조 원으로 전체의 80%를 차지하고 있음
□ R&D 관련 조세지출 제도를 지원유형과 지원방식별로 분류한 결과, 대부분은 R&D 수행단계에서 발생한 비용을 세액공제하는 방식으로 운영
○ 분류 결과, 수행단계 세액공제가 약 5.4조 원으로 전체 R&D 조세지출의 92.9%를 차지하고 있음
□ 산업, 기업 규모 등의 특성에 따라 조세지출 수혜 가능성에 차이가 발생
○ 반도체·소프트웨어 업종은 창업 후 2년 내 흑자 도달이 가능해 세액공제 혜택을 빠르게 받을 수 있음
- 반면, 의약품·화학물질 제조업은 흑자 전환에 평균 16년 이상 소요되어 세제 지원 활용이 어렵다는 한계가 있음
○ 또한 조세지출 수혜 여부 분석 결과, 중소기업의 조세지출 수혜 가능성이 중견·대기업보다 높은 것으로 나타남.
- 이는 대기업의 높은 최저한세율 등 제약 요인 때문으로, 기업 규모별 형평성 문제가 발생하고 있음
□ 시사점
○ 기술이전 및 투자회수(EXIT) 촉진을 위한 세액공제율 인상
- 기술취득금액 세액공제율을 현행 5%(중소기업 10%)에서 상향하고, 기술혁신형 합병·구주취득 세액공제율도 확대 필요
- 초기 창업기업은 연구·인력개발비 세액공제와 동일하게 최저한세 적용을 배제해, 조기 성과 창출과 투자 회수 환경을 마련 필요
○ R&D 기획 단계에 대한 지원 강화를 위해 공제 대상 R&D 범위 확대 및 준비금 손금산입 재시행
- 연구·인력개발비 세액공제 범위에 기획단계 비용까지 확대하고 2014년 폐지된 R&D 준비금 손금산입 제도를 재도입해 장기적이고 안정적 민간 투자 촉진 필요
○ 조세지출 실효성 제고를 위해 이월 및 유예 기간의 조정, 환급, 최저한세율 인하 등 추진
- 산업별 흑자 도달 기간 차이를 고려해 세액공제 이월기간을 확대(10년 이상)하고, 결손 기업에는 일부 환급해 유동성 지원 필요
- 중견·대기업에는 최고 17%의 최저한세율을 인하해 제도 활용 제약 완화
□ 김학효 부연구위원은 “현재 조세지출 제도가 연구·인력개발비 공제에 집중되어 있어 기획, 기술이전, 투자회수 등 전주기 지원에는 한계가 있다”라며, “세액공제 확대, 준비금 손금산입 재도입 등을 통해 민간의 안정적이고 전략적인 R&D 투자를 촉진할 필요가 있다”라고 전함
